Od 26 zašticenih izvornih hrvatskih pasmina domacih životinja za njih cak 15 postoji prijetnja opstanku, od cega su cetiri pasmine potencijalno ugrožene, šest ih je visoko ugroženo, a kod pet je stanje kriticno.
Vlada je procijenila da je u Hrvatskoj ostalo tek 37 medimurskih konja, i ta je pasmina kriticno ugrožena. Medu kriticno ugrožene pasmine Vlada je svrstala i sjevernojadranskog magarca koji živi na kvarnerskom otocju, sjevernom dijelu jadranskog priobalja i u istocnom dijelu istarskog poluotoka. Tih je magaraca u Hrvatskoj ostalo još 150, ali populacijski trend procjenjuje se stabilnim.
Kriticno je ugrožen i istarski magarac kojih je ostalo još 200, ali u Ministarstvu poljoprivrede su procijenili da je populacijski trend pozitivan. Medu kriticno ugroženima je i jedno govedo, slavonsko-srijemski podolac, ciju aktualnu populaciju cini devet bikova i 107 krava, ali mu je populacijski trend stabilan, te turopoljska svinja s ukupno 173 preostale jedinke i negativnim populacijskim trendom.
Visoka ugroženost prijeti još i primorsko-dinarskom magarcu, istarskom govedu, buši te zagorskom puranu i kokoši hrvatici. Tako je, primjerice, istarskih goveda ostalo još 789, a goveda buše tek 269.
Istodobno, buducnost ovaca i koza u Hrvatskoj cini se svijetlom. Nije ugrožena ni jedina hrvatska izvorna pcela - siva pcela. Nisu ugroženi ni konji lipicanci, dok su potencijalno ugrožene pasmine poput crne slavonske svinje, konja hrvatskog posavca ili hrvatskog hladnokrvnjaka.